A kedvező természeti adottságokra épülő (a város szigeti oldala, valamint a Duna - Dráva Nemzeti Park közelsége) ökoturizmus nagyobb figyelmet érdemlő termék Mohács turizmusában. Vendégköre döntően országhatárokon belüli, természetorientált és társadalmi státuszú polgárokból áll.

A természetjárást önálló termékként fogyasztók az olcsó szálláshelyeket preferálják, még akkor is, ha azok kisebb komfortot biztosítanak. A tájékozódást és megfigyelést segítő infrastruktúra kiépítésével, az értékek és programlehetőségek jobb propagálásával olyan turistaréteg nyerhető meg, amely fizetőképessége nem hanyagolható el.

A Duna alsó szakaszának kiemelkedő értéket képviselő élőhelyeit foglalja magába a Duna-Dráva Nemzeti Park Béda-Karapancsa területe. Ligeterdeiben kockás liliom, jerikói lonc és a fürtös gyűrűvirág is előfordul. Az ártéri erdők irtása nyomán keletkezett mocsárrétek, legelők védett növénye a réti iszalag és a mocsári aggófű. A Duna alsó szakasza a réti sasok és a fekete gólyák által "legsűrűbben lakott" területe az országnak, e tekintetben hazánkban egyedülálló. (http://itthon.hu/nemzeti-parkok/drava-nemzeti-park-071010)

A Duna-Dráva Nemzeti Park Gemenci, Béda-Karapancsai Duna-szakaszán él Magyarország legerősebb, létszámát tekintve legnagyobb réti sas állománya. A háborítatlan ártéri erdők mélyén zavartalanul pihennek meg a gémfélék. Ősszel a Duna árterein, hullámterein több százas csapatai tartózkodnak a fokozottan védett nagy kócsagoknak, kis kócsagoknak, kanalas gémeknek, fekete gólyáknak. Az állóvizek befagyása után a folyón megjelennek az itt telelő több ezres récetömegek is. A szinte egész télen át jégmentes Duna védett öbleiben nagy létszámú vadlúdcsapatok tartózkodnak. Az emlősök közül kiemelkedő jelentőségű a fokozottan védett vidra állomány. Az áthatolhatatlan sűrűségű ártéri erdők kitűnő élőhelyei a vadmacskának is. Kiváló genetikai értéket képvisel az európai hírű Duna-ártéri gímszarvas állomány. A Mohácsi-szigeten található Riha-tó (ami RAMSARI terület) különleges értéke a kis kócsag és a bakcsófészkelő telep. A Balaton vonalától délre csak itt ismeretes a nyári lúd rendszeres költése.